在干细胞研究领域，间充质干细胞已逐渐成为研究主流。在全球上市的19个干细胞药物中，间充质干细胞药物多达17个。这些产品以间充质干细胞为主，涉及的适应证包括膝关节软骨损伤修复、心肌梗死、骨或瘢痕修复、GVHD、阿尔茨海默病等。
截至2022年6月1日，我国批准的间充质干细胞临床试验有22个，全球在clinicaltrials进行登记的间充质干细胞临床试验有11577项。间充质干细胞新研究、新项目在不断涌现。
目前，按照国家《干细胞临床研究管理办法（试行）》的规定，完成备案的干细胞临床研究项目共111项，研究疾病类型主要有银屑病、狼疮性肾炎、急性心肌梗死、骨关节炎、乙型肝炎相关肝硬化失代偿期和代偿期、糖尿病等，以及新型冠状病毒（2019-nCoV）感染所致重型及危重型肺炎和急性呼吸窘迫综合征等。
2022年1月，国家感染性疾病临床医学研究中心主任王福生院士团队公布了使用人脐带间充质干细胞（UC-MSCs）治疗65例COVID-19重症患者随访1年的结果。该文章发表于《柳叶刀》子刊—《EBioMedicine》杂志。结果显示：人脐带间充质干细胞给药对新冠肺炎患者肺部病变和症状的恢复具有长期益处，且患者症状更轻、生活质量更好，睡眠困难、日常活动和数字评定量表评分均得到显著改善。
2019年，《Stem Cells Translational Medicine 》杂志报道一例活体肾脏移植受者用间充质干细胞输注诱导免疫耐受获得成功的案例。在没有使用免疫抑制剂的情况下，可完全耐受新器官18个月。研究人员表示，这是世界首例通过间充质干细胞输注受益的器官移植患者，也为间充质干细胞成为解决人体器官移植排斥问题的有效方法提供了证据。