1908年，干细胞概念在柏林的一次血液病大会上首次被提出；1939年，进行了第一次骨髓移植治疗再生障碍性贫血。
1972年，是发现环孢菌素(免疫抑制药物)的一年。据报道，异基因移植治疗再生障碍性贫血和急性髓细胞白血病的首次成功是在一名16岁女孩身上。
1991年，科学家分离出“间充质干细胞”，促进了基于干细胞临床应用治疗人类疾病的进展。
1999年之后，《科学》杂志公布干细胞为世界十大科学进展榜首及六大热门科技领域之首。自此干细胞领域的发展如火如荼，尤其是为一些传统手段无法治愈的疾病的治疗提供了新的思路，有望引领全新的再生医学革命。
2006年，日本科学家山中伸弥（Shinya Yamanaka）利用病毒载体，将四个转录因子（Oct4, Sox2, Klf4 和c-Myc）的组合转入分化的体细胞中，使其重编程而得到类似胚胎干细胞的一种细胞类型。2012年，该发现获得诺贝尔生理学和医学奖。
统计至2021年10月，国内共有132家干细胞临床研究机构备案（含地方医院110家、军队医院22家）；共有89个干细胞临床研究项目备案，涉及MSCs来源的备案项目有66个，其中40个为脐带MSCs来源，用于多种疾病类型的治疗。
截至2022年8月23日，全球已经有19款干细胞产品获批上市，6265项干细胞临床试验正在进行中，涉及200种适应症，8大系统疾病，譬如在呼吸系统、神经系统、内分泌系统、运动系统、免疫系统、生殖系统、循环系统以及消化系统等多系统领域均有成功案例报道。