上世纪末和本世纪初，人类干细胞国家工程研究中心在全世界较早建立了人类治疗性克隆胚，并在国内较早建立了人胚胎干细胞系。

2006年，在国家863重大专项“我国人类（疾病）胚胎干细胞库的建立与应用”资助下，中心自主建立了库存530株的人胚胎干细胞库。《CellStem Cell》肯定了我中心利用IVF剩余胚胎及临床无价值胚胎建系的工作，认为我中心的规模建库对解决干细胞临床应用的免疫排斥问题具有实践意义

2020年，人类干细胞国家工程研究中心的临床级胚胎干细胞通过了中检院的质量复核，有力支撑了国际首个人胚胎干细胞来源肝细胞制剂治疗肝衰竭的临床研究。胚胎干细胞库还拥有涉及58种染色体异常和17种单基因病的疾病胚胎干细胞系，可为罕见病新药研发、基因治疗提供细胞模型。

2022年，中心的胚胎干细胞库通过了科技部人类遗传资源保藏审批，将本着资源共享的理念，向科研机构或者高校提供胚胎干细胞、开展技术培训。